mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGGACGGAGGGAGTATTA CTACTCCTTCGGTCCCATATC GTAGAATTCCCTGCTACTCCTTCGGTCCCATATCAAGTGACTCAAATTTATCCAAATATAGATGTATCTATGACTAAAAAGCGTCTAGATACATGTAATAGAAAGTCACTTAATATGGGACGGAGGGAGTATTACGCTTCTTTA ATTTTCTTCCTTTATCGTCTAATTCAAACAGCTAGTTTTCCTGGTTTGGAACTCGGAAACAGTTAACCCATGCCCATATCTCGAATCTTACCTCGATCCGTGTTACTAATAAGAGAAGGTTGCACTCATCCATGTTTGCCTCCTATCCTTTAGTTAGCAGCAACAATGTACTGGGTACATTCCACTTGGGTTCCATGAATCTTTTTGTAGAATTCCCTGCTACTCCTTCGGTCCCATATCAAGTGACTCAAATTTATCCAAATATAGATGTATCTATGACTAAAAAGCGTCTAGATACATGTAATAGAAAGTCACTTAATATGGGACGGAGGGAGTATTACGCTTCTTTAGCACAAACTCAATCTTTTGTGTGCTTGTGCAAAATTAACCTGCTACATCCAGCCCTCCACCATTGACGAGAAGAAAGACGTCGCGATTCGCTTAGGCAAATCAATGAGATGAAAGAGGAGATGTACAATCTGATTGCCGAGTTTGAAACGAAGTACAAGGTTCCTGTCAGAGTAGCCTGGCCGAATCAACAGCTGCTGGAGGTGCTTTCCGTGCAGTCAAGCCTAGATCCAACGACCCCCACTGGCGCTCGCGTCGAAATTCAAGGATAAGAGGTCGTTTTATGTGGCTAGTTGGGGTATGTACGAGTGCCAGTATCTTTGCAGATGGTTTTCATATGGTGTCTCAAGAAGTAGAAGATCCAGAAAGGAAAATTATAGAAAGCATGAAGAAGTTAGTCATGGACAG 5 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-41 bdi-MIR1127 0.00000000000003 -47.7 ((((......)))).((((((((.(((((((((.((((((((....(((((.......((.(((((((((.(((........)))))))))))).))))))).)))))))).))))))))).)))))))).............. (-47.7)