mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGGACGGAGGGAGTAGAT ATACTCCCTCTGTCCCATATT ATGTAGTATTATACTCCCTCTGTCCCATATTAAGTGACTCAAATTTATCTAAATATAAACGTATGTGTATAGTAAAACACGTCTAGATAAATGTAATAGAAAGTTAATATGGGACGGAGGGAGTAGATCCCAAAA TGAGCAGTTCGTGAAAAGGCGCCAATTGGTCAGTTGTTCATTCATCAAACTTGTAATGACATTTCAGTCGAGAACTGCATCTTATTCAATTTGTTGTAAGCTAGCATGAAGCGATCAAAGGCACTTGTATGTATGTAGTATTATACTCCCTCTGTCCCATATTAAGTGACTCAAATTTATCTAAATATAAACGTATGTGTATAGTAAAACACGTCTAGATAAATGTAATAGAAAGTTAATATGGGACGGAGGGAGTAGATCCCAAAACTTGCAGCAATCTTTATGTATATTGTACAACTGGGTGA 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 2e-25 bdi-MIR5171 0.0001 -41.9 ...........((((((((((((((((((((((.........(((((((((.((((....))))((((........))))...)))))))))...........)))))))))))))))))))))).......... (-41.9)