mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGGGACGGAGGGTGTACAA ATGCTCTTTCCGTCCCATGTT TACACGGCTAATAGCCTAATACATGCTCTTTCCGTCCCATGTTAAGTGACTTTCTGTTACATGTATCTTAACGTTTTTAAGGCATAGATACATTCATATTTGGTCAAATTTGAGTCATGGGACGGAGGGTGTACAACAGAGTGTAAGAGCATTTT GCTCCTCCAGCAGCATAGTAGCTGACTAGCCAATTTAAATCGCAATAGAATGCCAGGTTAGGCACTTAAGAAGAACGTACAGTCGTACACCACTGAACAAGTGAGTTCAGAGATATTTAACAAGCGTTAGATACATCAACTACCAGCCATGGAAAGGGGTTACACGGCTAATAGCCTAATACATGCTCTTTCCGTCCCATGTTAAGTGACTTTCTGTTACATGTATCTTAACGTTTTTAAGGCATAGATACATTCATATTTGGTCAAATTTGAGTCATGGGACGGAGGGTGTACAACAGAGTGTAAGAGCATTTTTAAGTTGCTGCAAACAATAATAGAAGACTAGACAAATTTGTTATCCGTTTAGGCAGAAGGCTATCCATTCCGCTTGTCATCAGGATGCATTTGCATAGGTACATCTAGGTGATTGTACACTGTTCTCGTCATACACCCTGAGAGAGCTTCTCACCCGGAAGCAACAGAGTTTGGAAGGTAAATACGGTGGAAATTGTTCATTCTCAAGCTCTTTCGGCAAGTAGGGCATTTCTTCTGGACCTGGATGGATTGCTTGATGCAACTTGTGCAGAAGATATGACCACATATTGTTGTGGAGGGCTCCTCCAACTTGTTCCAACACACTGGACAGGTAAATATTGGTTCCTTCGGAGCCACCTTTGCAGGCTCTTTGGTAGTTTTCACCGCATTTTTTGACTGCAAGCTGGACCCTTCGCCTGTTTCTGGAGAGATGTTTATCACAGGTGCAACTCTTCGACGTTTGTTCCCTTCCTGGCTAGCATCTACCTCTAAATCAACTACTGTCACAGGCTGCCTCCTTATTTCTCCCGTTCCTCTGAGGAGGCACTTGCGAAGGCAATATGGCTGCACTTCATCATCGAGAGCTTCCACGTCGATGG 4 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 7e-19 bdi-MIR1127 0.000002 -45.3 .....((((...)))).......(((.((((((((((((((..((.(((((.........((((((((....(((.....)))..))))))))........)))))..)).....)))))))))))))).))).....((((((....)))))). (-45.3)