mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCTCATAATAA AATATGGTACGGAAGAAGTAC CCAAAAAATGTACTCCCTCCGTCTCATAATAAGTGACTTTCTATTACACGTATCTAGACGCTTTTTAGACATAAATACATCCATATTTTGACAAATTTGAGTCACTTAATATGGTACGGAAGAAGTACATCCATAG GATCCAGACATGAGATGCCGCACGTCATCCAAACAACAGTCAGCCAGTCAGAACTCAAAAGCGATTCATCGACGACACATAATGAGTTCCCGTTTGTTGCAAATGGAGCCTGGATACTGTAGCCCCCAGACTCCGTTTGATACGGACGTAGGGCAGTCTGCTGTTGTTGCCGTGTGACGGTATCTTTGTACAGACTAGATGACGGGAAGAGAGATTCTTATTTTTTTTATTCTTTGAGCCTACGGGAAGAGAGATTCTTTTATTGAATATTCGCTTGAGATTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCCAGCAGATACGTGCAAGAGATTGTGGACCGTGTGATCTGATCCGGATCGAATGGGGCTTGTGGATGGCTGTCAGAAATTACACGTAGCCGCCGGCTAGTAAAATATACTCGACTGTCAACACGACAACACCCCATTACTTCGTGACAACGAATTGCAACAACAGGGGATGGACGAGACGGCGAGGCTTCCACGGCAATGTCACCCACATCACCGCACGCGTCAGCGTCGATCAATTAAATCTTTTCTCTTCAGAAGAAAAAGAAAGTGGACGTCCCTTTCATGAGATGCAGAAACACTTAAATATCATGGCGGGCCAGAGCATAAAGTTTTTTCTGATTGCGCAAGATATACATAGTAATTGTGCAGTCCAAAAAATGTACTCCCTCCGTCTCATAATAAGTGACTTTCTATTACACGTATCTAGACGCTTTTTAGACATAAATACATCCATATTTTGACAAATTTGAGTCACTTAATATGGTACGGAAGAAGTACATCCATAGCGACACCGACATGTACGGTTGGAAGCAATTTTACCTAAAGAGTGATCCTTTTTC 5 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-35 bdi-MIR5171 0.000000000007 -31.3 .......(((((((...(((((.(((((.((((((((((...(((.((.((.((((((.....)))))).))(((((......)))))))...)))..)))))))))).))))).)))))...)))))))...... (-31.3)