mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATTATGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCCTACCATAATATGA TACTCCCTCCCTACCATAATATGAGACACGTACGCATCCCTATATCGTCAATTTAGCTAACTAAATATAAATTAAATAATTAAAAAAATATATCATTAGAAAGTTCTTTTGATAACGAATCTAATGATATACTTCTTGTTAAGAAACATATATATTTAACTAATCAAATTGAGAATTTAGTAATGCGTGCGTGCCTCGTATTATGGGACGGAGGGAGT CCACGCGTCCGCACACACGTGACACGTCCATGCAACACAAAATAAAATAAAAATTGAGCTGTTGTTTTCGGCATCGACATCAAATCACGAGATTGATAAACAAGTTCCAGAGCACGGTTGCGACGTTAATAAACTATGATGGAGTATTTACCATATTGGGTTCAGAAAGTTTACCTGTTTCAGACTTCAGAGTGACGTGCTTTGCCATACAAAGCCTTTCCTAGCTAGCTCCCAAGATTCCAAATCGGCAAATCCATCCATCCTGTACCATGCTAAAAAGCTATAGAACCTAGAATTTAGCTTGTTTGTTACTTACTCCCTCCCTACCATAATATGAGACACGTACGCATCCCTATATCGTCAATTTAGCTAACTAAATATAAATTAAATAATTAAAAAAATATATCATTAGAAAGTTCTTTTGATAACGAATCTAATGATATACTTCTTGTTAAGAAACATATATATTTAACTAATCAAATTGAGAATTTAGTAATGCGTGCGTGCCTCGTATTATGGGACGGAGGGAGT 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 tae-MIR1120 0.0007 -67.4 .(((((((((...((((((((((((.(((((((((((..(((..((.(((((((.......((((((((.((..........((.((.((((((((((((..(((........)))...)))))))))))).)).))..........)).)))))))).......)))))))))...)))..))))))))))).))))))))))))...))))))))) (-67.4)