mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATACCA GTGTATAGAGTAGTCAAGCATG AATAATAGTCGTGCCTGGCTCCCTGTATACCACAAGCAAACACCGATCTCATTATGAAATCGATCGCTAGTGGTGTATAGAGTAGTCAAGCATGACCAAAGC GCCTGCAGGACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGCAAATAAAGAAACATTTTATTTTTAAAGGTAATTATATTGTTCCAGTTATAAATAAATTTATTCATATTTGCCTTCAGATCCAACTTTCGTTCCCTCTTTCGAATTTTTTTAAGTACCAGCAAAGTTTGGTTAATTCTTTCCCCCTCTATATATTTGTACCTCCACTCCTCTTACATCTCCACAAATCCTTGACAAAGAATAATTCTTCGGTTTCATTTTCCTCCCATCCAAATAAAATTACATACATATGTTTATTATGTTCCCTTTAAAACCGACGCATAAGCCATCCAACATTCATATTTAGAAGTCTTGTATTCGTAACGTATGGAATAATAGTCGTGCCTGGCTCCCTGTATACCACAAGCAAACACCGATCTCATTATGAAATCGATCGCTAGTGGTGTATAGAGTAGTCAAGCATGACCAAAGCTTTTCTTGATATATAACTACTTTGTCTTTGTAACGCATAATGTCTATAAAATTTCTGGTATATGTATACATGAATTATGTTTAGAAATTTCTGTTTTTTTTCATATGCATCTTCATTATTTTCTTAGCGTCCTTTATTTATTAATGTTTTATTTGGTATTAAGCAGGTATTAATGATATTACATTTCTAAGTGTAATGTAATGAAATCATAATTCAACTATTATATCCATATATTGTTTTTTCTATCTTTATGTTGAAAAATATAGGTG 3 1 5' arm Brassica_napus mirnest mir-160 4e-22 aly-MIR160b 1e-22 -35.9 .......(((((((.(((((..(((((((((((.(((......((((.(((...))).))))...))).)))))))))))...))))).)))))))...... (-35.9)