mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCTGTCCCATATT TATGGATGGAGGGAGTAGAA AAAAATGTTTATTACTCCCTCTGTCCCATATTAACTGACGAAATATTACATGTATCTAGACGCTTTTTGGATATAGATACATCCATATTTGGGCAAATTTGAGTCACTTAATATGGATGGAGGGAGTAGAATATATGAA CTCGTATAGAGGTTAGACATCACATTTGTAGTTCAACAAGGTTGCCTTCAAAGGCTCTATGCAAGACTTGATCCTGATAAAAATGTTTATTACTCCCTCTGTCCCATATTAACTGACGAAATATTACATGTATCTAGACGCTTTTTGGATATAGATACATCCATATTTGGGCAAATTTGAGTCACTTAATATGGATGGAGGGAGTAGAATATATGAACCGCTGATTGATGATTGGTCTGCCGTAAGCGGTGGGTTTTGAGAAGTGGAAAGTGGGTCAAAACTGGGCCCTGGCTGGTTCAGGAAACTGGTCGGTTACCATGGCAAAGACATCCAGGTTTTGTTGGTTGAATATTGTAGTCGTTCTTCTTTCAGATTCAAAATTTGTAGCTTATCTTTGAATCACGGATGTATTATTTGTTTGAATAGAACCCTGGCCATGAGACAGAAAACCTGTCCTGCCTGGTTTACCTTTATGTAAGTTGGAGACACAGTGGGTCTTGCAATCTTGGTCAGTCGAAGGCTTGTATTGGGATATATAGTTGTAGTGGCTGGCTATTGCATGAATGCTCGTAGTTGAGATAGTACCCAAAGATGGAGTGAAACCTAAAAGAGGCTCATAAAAAACTGACACTTCCACAGGTCTATATTTTTCTACTTTCTTTTTCTTATCAGTAGTGTTGTAGTT 0 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-38 bdi-MIR1135 1e-16 -42.1 ....((((((..((((((((((((((.(((((((.((((..((..((..(((((((((....((....))...)))))))))(((....)))..))..))..)))).)))))))))))))))))))))))))))..... (-42.1)