mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTACTCCCTCCGATCCTAAA TAAGATCGGAGTTAGTATT CTAGACCGATGAGCTCTGTCATGTACTCCCTCCGATCCTAAATTTTTGTCTCAAATTTGCCCAAATATGGATGTATCTATTCATAAAAAGTGTCTAAATACATGTCATATTTTGACAACAATTTAAGATCGGAGTTAGTATT GCACTAAGCTTCTATTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGCGCAATGTCTTTGGGAAGAACTGCCTCGAAAGCACCAAAGAGATTGCTGAGATTCAGCAAAGGTACAAGGCAGCCACGGGATACCTACCAATCCTTTTTGACGGATCGTCTCCAGGTGCTGGCAAGTTTGGTTACCTGAAGATTCAACGAAGGCGCCAAATTAAGTGATTGGCCTTGGGTTGTGCCCAGACAACTCAGGTTTGTGAAGAGGTCCAGCCTATATTGAACTGATTGAACAATGCCGGTTGCGTTTGTTTGGCATTGTGAGCGACCATGAGCTCTTTCTGTGGGACATTCTTTCCGGACTTATTAACTGCTAGACCGATGAGCTCTGTCATGTACTCCCTCCGATCCTAAATTTTTGTCTCAAATTTGCCCAAATATGGATGTATCTATTCATAAAAAGTGTCTAAATACATGTCATATTTTGACAACAATTTAAGATCGGAGTTAGTATT 4 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 2e-31 bdi-MIR1135 1e-16 -37.6 ...(((.((.....)).)))..(((((..((((((((.((((((.(((((............((((((((((((((.((..(((.....)))..)).)))))).)))))))).))))).)))))).))))))))..))))). (-37.6)