mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCTTCCGTCCCATATT TATGAGACGGAGGGAGTAGCT TAACTGTCTAAATACTCCTTCCGTCCCATATTAAGTGTCGAAATATTGCATGTATCTAACGTATTTTAATATATAGATACGTCCATATTTAAACAAATTCGAGTTACTTAATATGAGACGGAGGGAGTAGCTTTTAATCT AGGGAATTTCGCGAAGCTGAGAAAATCCCCGGCCAGATACTTGCTGCTCGACAACCTCGCCTCGTACACCTCCAGCAGCTTCTTCAGCTTCTCGGAATTCACCCATTTCGCCTTCATGCGATACTTCATGGTGACTGAGTACTACGGGGATGTGGTTGACGCGTATCCCCACTTCAAGGCATGGTGGGAGGCGTTGTTGTCGAGGCCGTCGGTCAGGAAGGTCATGGCCGGCATGCCTCCAGATTTTGGGGTAGGATGTGGGAAGATCCCATGATAAGAGAACAGGTATGGTTGTGTGTATTAGTGTATGAAACTTTGGTCATCTTGTTTATGCATTTTGGAATAAATGTCATTTAAATATCTCTCACGAAAACAATCGATATTATACACATTTCTTTTCAGGGCCATGTCTCTCAAACTGCATGGTTAACTGTCTAAATACTCCTTCCGTCCCATATTAAGTGTCGAAATATTGCATGTATCTAACGTATTTTAATATATAGATACGTCCATATTTAAACAAATTCGAGTTACTTAATATGAGACGGAGGGAGTAGCTTTTAATCTTTTCGCCCCTTGTAATTTTCCTTATATATGTTATGTCCTTAGTTACATTAATAAAGATTGAATGAGCTTCTC 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 3e-36 bdi-MIR5183 0.00003 -44.2 ............(((((((((((((.((((((((((((((((....((.(((((((((..((((....)))).))))))))).))............)))))..))))))))))).)))))))))))))........... (-44.2)