mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATGGAACGGAGTGAGTATA TACTCCCTCCGTTCCATAATT TGTTGTTTATTAATACTCCCTCCGTTCCATAATTCTTCTCTCAAATTTGTCCAAATATGAATGTATCTATTCCTGAAAAGTGTCTAGATACATGTAATATTTCGACAAGAATTATGGAACGGAGTGAGTATATACTTATACT GACCTTTTGCGAGGCAGAGCAACCGGCGGCGCAGCCACAAAGCAGGGACAGGAGAGGAGATGATGATGTTCATCAATGCGTTCCCAGAAACAGGGTTGGAACCAGCTGCTTTCGCAGCCCTTGTTCCCAACAGCGCAGAGAAGGTTCTTGGTGAGGTCATCGAAGAAATAATGGGTGATCACGAGATGCTGACAGGAAAGATTAATTCAGGACGAAGGTAATCTCGAGTGGCAATTCTGCTAAGCAGAATGACAGGTTCTGAGAGAGAATATATTCTGGCAGCACTGGTCAGACCCTGAAATGATCTCCTGAAATTGGCAGCTCCAAGTGATCTACCGGATAGATGTGAATCCTTCAGTTGCCTCTTCTGATAAATACCGACCTTGCAGAAGTTGAGCCACTGTTCCATACATTTAGCTGCAAGAACGCACTGAATTAGACGTGCTATGAGGGCCCTTGTACTCTTACTCTTTTTGCCTTTGCTTCCCCCCTTATTTCTCCTTGTAACTATGTTGTTTATTAATACTCCCTCCGTTCCATAATTCTTCTCTCAAATTTGTCCAAATATGAATGTATCTATTCCTGAAAAGTGTCTAGATACATGTAATATTTCGACAAGAATTATGGAACGGAGTGAGTATATACTTATACTGTCGGAGTTTTTTCTACAGTTTTACTGAATTAGACGAGTGCACAAGTGAAACCGAGATTGATATTTTTGCGAGCCTTTCCAGATACAGTCATGCAACTAAGCACTTTATTTTTTTGAGCCCTTCGACG 2 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-41 bdi-MIR1135 0.000000000000002 -47.9 ............((((((.(((((((((((((((((...........((((.((((((..(((((((((...((....))....)))))))))...)))))).))))))))))))))))))))).))))))........... (-47.9)