mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCTTCCGTCCCATATT TGTGAAACGGAGGGAGTAGCT TAACTGTCTAAATACTCCTTCCGTCCCATATTAAGTGTCGAAATATTGCATGTATCTAGACGTATTTTAATATATAGATACGTCCATATTTAGACAAATTCGAGTCACTTAATGTGAAACGGAGGGAGTAGCTTTTAATCT GATTTTCTCAGCTTCGCGGAATTCACCCATTTCGCCTTCATGCGATACTTCATGGTGACTGAGTACTACGCGGATGTGGTTGACGCGTATCCCCACTTCAAGGCATGGTGGGAGGCGTTGTTGTCGAGGCCGTCGGTCAAGAAGGTCATGGCCGGCATGCCTCCAGATTTTGGGGTAGGAAGTGGGAAGATACCATCATAAGAGAAAAGGTATGGTTGTGTGTATTTGTGTATGAAACTTTGGTCATCTGGTTTATGCATTTTGGAATAAATGTCATTTAAATATCTCTCACGAAAACAATCGGTATTATACACATTTCTTTTCAGGGCCATGTCTCTCAAACTGCATGGTTAACTGTCTAAATACTCCTTCCGTCCCATATTAAGTGTCGAAATATTGCATGTATCTAGACGTATTTTAATATATAGATACGTCCATATTTAGACAAATTCGAGTCACTTAATGTGAAACGGAGGGAGTAGCTTTTAATCTTTTTGCCCCTTGTAATTTTCCTTATATATTGTTATGTCCTTAGTTACATTAATAAAGATTGAATGAGCTTCTTAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGG 3 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 5e-41 bdi-MIR5183 0.00000000003 -43.1 ............((((((((((((..((((((((((((((((.((.((.(((((((((...((((....)))).))))))))).))....))......)))))..)))))))))))..))))))))))))........... (-43.1)