mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GGGCTCCTTATAGTTCAAACG GAACAAAGAAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTCAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATTTATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTCTTT ACTCTGGTCGCCTGCAGGTACCGGTCCGNGATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGCTCTTTCTCTCCTCTCTAATAAATCTGATTATAGTTAGTTAGGGTTCATCATCTTTGATTTCTAGGGTTCTTTCTATTGTCTCTAACAGAGGCTTATGCTTGTGTTGTTTAGATCATGTTATTTAAGGTTTATTGAGTCTACATAGTTCCTCAGATCAGATCTATATCTTAGATGGTTATTGATTTGACAAGCATCTTTGTTTCTCGATAGATCTTGGCCTTCCAAAACGAATTTCCCGAGAACAAAGAAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTCAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATTTATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTCTTTCACTTTACGCAAATTTATTTTTGTACTGTAATGAATTCATTGCTAATTTTTCTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTGCAGTGACATTTCTGAAGGAGTATTTCTATGGTGATGGTTTATGTATGCTGTGGCGTGGAATTGATTTTCTTGCTTGTCTGTAATTAGGGTTTATGTAAATGTGTCTGTAATATGCGAAGATCCAAATTTATATTTCAACTAATGCAATTACTTTCTGTTNNAAAAAAAAAAANNNAAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR159 4e-70 bra-MIR159a 1e-97 -69.6 .....((((.((((((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((....(((((((((..(((((((.((...)).))))))).)))).)))))....)))).)).)).))))))...))))))......))))...)))))).))))))))).)))))))))))).)))).... (-69.6)