mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACCAAGTTTATAGCAAAA TTTTCTCTAAACTGGTTAAGA CTTCTGAAAGTTTGACCAAGTTTATAGCAAAATATGCTAACATCTACTCTAAATAAGTTTTATTAAATCTGTCATGACATGTATCTTCATAGTATACTTACTTGATATAGATATTTATTTATTTTTTCTCTAAACTGGTTAAGAAGTTTGAC GTTGCTCCTCCATGCTCTTCTCCAGTGTCCATGTGATAGTCTTTGATTCAACCTGATTGGAAAGTAAATTAACATACCTTCCTTCTGTTACTAAATGTAAGATGTTCTAGTTTTGCGTAAGTCAAACTTCTGAAAGTTTGACCAAGTTTATAGCAAAATATGCTAACATCTACTCTAAATAAGTTTTATTAAATCTGTCATGACATGTATCTTCATAGTATACTTACTTGATATAGATATTTATTTATTTTTTCTCTAAACTGGTTAAGAAGTTTGACCTAGGACAAAATTAGAACATCATACATTTAGGAACAGAGGTAGTAGTTGAGTTGTTTTCAGTTTTTGACAATCCTTTATGTGGCAACATTAAGTAAAATAACAAAGACGAGGATGGAGGACTAATCAAGTGTTCATACTCGTGTTCATAGGTTTCGAGTAGTTAAATATAAATTTGAATATTCTTACGGTTTCATTTTGCGTAAGGACCGCATCTTGGTCTTGTATGTTTGCTGTATTAATAGTGTGGTTAGAACCCACTGAAGTGTTTGCCATCAAGTTTTGTTCACCAGGTACCTCTGGTCTTGTATCTGGGGTGTTGACTTGCTTCATCATTATCTGTGTGGTTGCCGGTTGCTGCTCCATGCTTTTCCCCATTGTACACGTGCTAGGAATTAATGGGATCTGAATGACAGACACTATATTCATCGAAGTAAATGGATAGGTCGGCTAGTTATGCTC 2 2 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 bdi-MIR5169 0.000000000000008 -23.5 .....(((..((((((((.(((((.((.((((((....((.(((((...(((.(((((.((((.((((.(((....))).))...)).))))...))))).)))...))))).))....))))))..)).)))))))))))))...)))... (-23.5)