mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCAAATGTAGACAAAGCAA TCTTTGTCTATCGTTTGGAAAA AATAGCACGTTATATCTGTTCTTCTTTGTCTATCGTTTGGAAAAGATTGATGACGCTATCTACACTTTTCCAAATGTAGACAAAGCAAAACCGTGATGACGTCGTAG GGTTAAGGGCTTTGGTTGCTGGGGAATTATAATAGCACGTTATATCTGTTCTTCTTTGTCTATCGTTTGGAAAAGATTGATGACGCTATCTACACTTTTCCAAATGTAGACAAAGCAAAACCGTGATGACGTCGTAGAGATCTTGTTGATGGTACGAGCTTGTGTTCGTCCATCAATTATCTATTTCTTGTTTTCCCAATGTTAACATCTGACTGCTGATCTTGTTTTTGACTTTAGTTGAACCGTATATTCTCTTGTCGTCTCTCTTCTTTTTCTTTTTGCAGATCAGGATTTTCTGACCACGATTTCTACTGAGAGAAGCAAAAGTACAACTATGAAGTACTGTTCAGTCCGGCTCGAACATGACCGACCAACCGATCTTATCTATATTCTATTATTACAGCAAATAATTCTCATAATACTTGTATCTTTTGAAGACCAACTAATTGTTCTCTTTTTTTGAACTATAGTGAAGAATTATTCGAGAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 3' arm Brassica_napus mirnest MIR158 0.00000002 aly-MIR158a 0.0000000003 -31.9 ....(((((((((....(((...(((((((((.((((((((((((...((((....))))....)))))))))))))))))))))...)))....))))))).)).. (-31.9)