mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTAGTAAGAGTGGCAGTCGA GCTGACATATTTACTAGAGG ATAGCTGTTGTGTCACTTCCTCATGCTGACATATTTACTAGAGGGTAAAATTAATAACCTTCTAGTAAGAGTGGCAGTCGAAGGGAAGGGCTCAT 3 1 3' arm Pongo_pygmaeus mirbase mir-628 5e-37 cfa-mir-628 5e-49 -36.4 ........((.(((.((((((..(((((.(((.(((((((((((((..........))))))))))))).))).))).))..))))))))).)). (-36.40)