mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA ATTCAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTAGTTTTTTTTTGAAATTTTTTGACAGCGAGGTGGCGTGTTGTAATTGGTCGTCACGTTTAAATTAATGATTGAAAAAAATGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGAGGTGAGAGATT GGGGGATAGGGTTATAAACTTCAAACAAAAAAAAAAAAAAAGTAAAATCATTTTTCTGTGCTACATAGTGTGTTAATAATATATTGGTGAAGTGATGGTTTACGTGAAGGAGCTGATGAATGATGATTCAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTAGTTTTTTTTTGAAATTTTTTGACAGCGAGGTGGCGTGTTGTAATTGGTCGTCACGTTTAAATTAATGATTGAAAAAAATGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGAGGTGAGAGATTGGATGGATATTTACCTTTCGCCGTTCAAATCTCAGGTCTTTTTTTTTTTTTTGGGAAAAAAATAATTGATTTAATTAAATTACTTATGAATTTACGATTTTGCTTTTGCTCTATCTGATTCGTTGATCTAATTATAAATCTCACTGCAGTGTATATAACATTTAATGCAAAAATATTTATTCGATTTTTAAGTGAGGTTTTTTCATTTTTAATTTTGTTCAAATTCAATGTAAAGAATTATGAGCTTCTAGTAACAGCTAATTACCTGCCAATAAATGTAGTGAATCGTTTGGTATCTTTGGATATAATATTTAAGTGTATTTGGAATAATTATAACTGTTGAAAAACATCAATAATTTTCTTTCTAATTCTGTTATGTCTATTATTTTTATTTTTGTTTAATTTTGTTCCCATAATATGCTTTCCATTTTAGTTCTCCTTGGAGCAATAAGATTGGTGAGTGCCTGCCAAAAGATTTTTTCTTTTTTAACTGCCAATAATTATTTTGATTTTTTTTTTTTTTGGTGTCCAGTAGAGCTTCAAGAGACTAAAAAAAAAAATTTTGTACTAACACTAATTATACAATTTTTTGCTTAAAAACTTCTCTTTGACAACAAACAATCCGTTCTTTAAGGTTTACTTTATGTTGAAGGCTGCCCTTCTGTAAGTAGTAAAAAAAATCCTTGAAGAAAAAAGGGAAAAAACTTATCCCTTTCGGTTTGTTAAATATTTTAAAAAAAACCTCCGGGGTGAAAAATCTAATGGAATGTTTACCTTTTTGTTTTTTGGCCCTCTTAATTTAAATTGCCCAT 2 0 3' arm Citrus_clementina mirnest MIR168 5e-20 crt-MIR168 3e-55 -66.1 ......(((((..((((((((.(((((.((((((((((.(((((.((((((.((....((((((((((.(((.(((((..(((.((((((............)))))).))))))))..)))..)))))))))).)).)))))).))))).)))))))))).))))).)))))))).)))))...... (-66.1)