mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGACTGTTGCTGTCCTCCAG GGGGGACGTTTGCCGGTCACTG GGGACGTTCTGGGCTCAGAGGGGGTGGGGGACGTTTGCCGGTCACTGCTGCTGGCCCTGACTGTTGCTGTCCTCCAGCCCCACTCAAAGGCATCCC 2 5 3' arm Pongo_pygmaeus mirbase 100 ptr-mir-943 3e-41 -43.2 ((((.((((((....))))((((.(((((((((...((((((((..((.....))..))))))..))))))))))).))))........)).)))) (-43.20)