mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTCACTGTTCTTCCCTAG AGGGAAGGGTCCGGGGTCGGC GTTGGCTGGCAGAGGAAGGGAAGGGTCCGGGGTCGGCTGAGCATGCCCTCAGGTTGCTCACTGTTCTTCCCTAGAATGTCAGGTGATGT 8 0 3' arm Pongo_pygmaeus mirbase mir-1178 2e-39 ptr-mir-1178 7e-45 -35.7 ((((.((((((.....(((((((..(...((((.(.(((((......))))).).))))...)..)))))))....)))))).)))).. (-35.70)