mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGCCACCCTTTTCCCCAG GGGGCCAGGCAGTGGTGGGCACTGCTGGGGTGGGCACAGC GTGGGGCCAGGCAGTGGTGGGCACTGCTGGGGTGGGCACAGCAGCCATGCAGAGCAGGCATCTGACCACATGCCACCCTTTTCCCCAG 7 20 3' arm Pongo_pygmaeus mirbase mir-1227 6e-27 ptr-mir-1227 9e-35 -38.1 .(((((...(((((((.....))))))).((((((.(((((..(((.(((...))))))..)))......))))))))....))))). (-38.10)