mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GGTCGATATGAGAACACATG GAGAGGATCTCGACAGGGTCGATATGAGAACACATGTGCAATCAACGGCTGTAATGACGCCACATCATTATAACACATCTGTCTTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAGCTCCTTCTCTACCC GAGAGGATCTCGACAGGGTCGATATGAGAACACATGTGCAATCAACGGCTGTAATGACGCCACATCATTATAACACATCTGTCTTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAGCTCCTTCTCTACCCTCCATCTTTATCAAACGCTCGGTCGCTTCATTAATTCACCAAATGACTGCCGAAGACACAGATGAAGAAAGAAACCCACAATGAGTTCCATCAAAATGTTTGTGATGCTATTTCTTAGCTTCAGGGATAAATGTTAAAGAAAGCTAACCTCACGGAGGAGGCGGAGAGCGGCGGGACGAGTGAACTTCCGTGCAAAGAGGAAACACGGTGCCGGTTTCCCTTTACTAGTACACCATTCTCGCCTGTATTCCGTCTCATAGTTGATATTGTCGATTCCCTATGAGTCCAATATGTTTTGTTAGAGTTTATTTTCCTGTTTTAAGCTTGTAAAAGAGTTTAAAGCCAGAGAAAACGAAGGTACATGTTGTGATGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTC 3 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR398 9e-61 ath-MIR398b 8e-27 -44.9 (((((((.((((.(((((..(((.((((((((((((...((...((((.((((((((.......))))).....))).))))..)).)))))))))))).)))..))))).)))).))).))))..... (-44.9)