mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCATTGACTTCTCACTAGCT CTAGAGAGAAGTCAATGTATGA AGTCAGCCTGTTGAAGCTTTGAAGCTTTGATGCCAGGCATTGACTTCTCACTAGCTATGAAAGTCCTAGCTAGAGAGAAGTCAATGTATGACATCTTGTTTCAATAGATGGCTGTTTCA 2 0 5' arm Pongo_pygmaeus mirbase 100 ptr-mir-1256 7e-58 -52.62 (((((..((((((((((...........((((.((.(((((((((((((.(((((((.(.....).))))))).))))))))))))).)).))))..)))))))))).)))))...... (-52.62)