mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCGGTTCAGTTCGGTTCGG GAACCGAACCAAACCGAAATA AACCTAACCAAATTTAGAAACTGAACCGAACCAAACCGAAATATTTCGGTTCAGTTCGGTTCGGTTTCTAAATTCGGTTCATC ATTGGAAATCACGATTGCATCTGTAGACTGTTGCCCTCGCCTCTCTCCCTCTCCTCATGGCACAGCTCCTCAGTGTCGGCACCACCCCTCAACGGTATCTGCCCCCCTGCGTGTGCATGGCGTGATTCAACTCAGTCCCTCTTGGTCTCTCCCTCGCCTCACACCACGATCAGCGCCTAGCACAACCCCTCAGTAGCAGGACAACCCCTCCCCTCAAGCACGGTGACGCCGTCGTTAACCCTCACGCACGGTCATCTTGGGCTGCAGCATGTGGGTGTCTATTTTTTTTTTAATTAATGCCATGGCCCGTCTGTCTGTATCTCTCTACCACATACTCTATGCCGAATTGTCTTTATTACTAACCTTGGGATTTTGCTTAATAACTTGAGTTTTTGGGTCCATCGTAATGGTGTCAGATCAATACCCAACATCTCATTCTGCCTCAAATCTCAATCAATTTCAAATCATTTTCATTTTATTTTATTCGGTTTGGGTCTCATGACATCGGAGTAATCGTTGCAAGTTAACACAATATTATATGCATGCTCTTAACTAATTTTAGATTTCTTATTATTTTAAAATCATCAAAACGGAAATGTTGTTACTGCAACTATATAAGTTAAAATAAACTCATAATTAAATTATCAGTGGTAGACAGTATTTAGCTAAACTGAATATTTTGATTAAACAGAAATGTTGTTACCGAACCGAATCACCTGAACCTAACCAAATTTAGAAACTGAACCGAACCAAACCGAAATATTTCGGTTCAGTTCGGTTCGGTTTCTAAATTCGGTTCATCTTCTTTAGAACTGATTGGTTTTGGTTCGGTTTTATTTATTTAATCTTTGTTGCAGAGAATAAGTCTTGTATTGTCCTAGTCTTTAGGTGTTAGCTGTTAAATCTGATTTGATTACCTAGTCTTAAGCTTAATGGTGCAGAAGTTCTATTTTTCTGCTAATGTTTGTTGAATGTGCTCTATATAAAGAGCAGAATTTGTAAGCTTAAAGTCCAATGTATGAAGCAAAAAAAGTCATAATTCACCATCCGTTAACCCTCCTCGTTTTTTTTTTTTATCAAGGGTAATAAAGACCGCCAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAGGTGGCACCAACAAAAAATTTTTCTTTTATTAAAAAAACAAATTTTTCAAATGGGCTTTTTAAAAAATTTATTTTCAACCCCCCAACCCCCCACCCTTTTAAATTATCCATTAATAAAATTATTTGGGAGAAAAGGGTGGGGAAGGGAAAAAAAAATATTTTATTGGGGGAG 3 0 3' arm Citrus_clementina mirnest 100 100 -41.4 .....((((.(((((((((((((((((((((..(((((((....)))))))..))))))))))))))))))))).)))).... (-41.4)