mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAAAGCTGTGGGAGAACAT GCTTTTCCACAGCTTTCTTGA AGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCCACTGTTTGCTGATTAATACACGGCTCTTGCTAGCTAGGCGCCGTATGTAGACACCGCGCGCCATGGGAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAACATGGCACACCT AGAGTGGTCCTTGAAATAGCCTCTTTGTATGGGCTTCCTGCTTAATTCTTCCTCTCTAACATCGAGTGTAAAATGAATGGAAGATCATCAAGCCACAGATATGAGATCTGAACATTATTATTATTAAGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCCACTGTTTGCTGATTAATACACGGCTCTTGCTAGCTAGGCGCCGTATGTAGACACCGCGCGCCATGGGAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAACATGGCACACCTTCAGGATTTGCCTGCTCGCCAGATACCTCATCCTTTGGTATGCCGGCGGCCCTGCCAAGATCTTCCCCACGGTCTTCTTCCCGGTAATCAATTGTATATATTTTACCCTTAATTCCTATACAATTATAACTTTTTATATTTATTTATTACTTCTTAGAATTGTATACACAGTAACCCTCTTAAATTCTTGCATTATCCTGTGACAGAAGCGCTTCTTTAAGCTAGCTAGCTGTGACTGTGATTCATGTTCAAAATGTGAATTTTCTCATTTGACACTGACAACAAGGTTCCAAAATATACGTTCAAGAACAGATCAAAATCACCCTGCAACATGATTTTGTCTTTGTTTTTACACACACTCATTTTATATTTACTGTTTTAACACATGAGCTCCATTATGCATGGAGTGTGTGTGTAAAAACTATCCTAGTTTGCTGTAAATTTTTTATGTACAGTTTTTCTTCGCAAATAAATGGGTTTGTGTGATTGCGTTCTGTACATTCCATTAAAATGGTGAAAAATGTATATTTACTTTTGCAGGGAGGAGAATCCCCAGCTTTAATTGCTTTCTAATATTTTATCTGGAAAAATTTTTAGTTCTTTCTGTTGGCCCTTTTGGTTTTGCCTCCCCTTGAACATGATGAAATCCCTACTTTTCTGGGAAAAAAGGTTCCCTTTTGCCCCTTTGTGACATCCTTTTTTAAACCCCCCCCCCTTCATCCGAAAACCCGTTTTTATTAAAATTTAAATTTTTGCCTAACCCAACCCCCCCCCTCCCCCCCGGG 1 0 3' arm Citrus_clementina mirnest MIR396 0.000000000002 ccl-MIR396 3e-76 -58.1 .......((((((.(((((((((((((((((((.((((((..((.(((((.((.(((.(((((.((((.....)))).))))).))).))))..))).))..)))))).))))))))))))))))))).))))))...... (-58.1)