mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACATGTTTAAACGTTGCAT GTAGCGTTATAACGTTCAAT ACCTTGTACTATGTAGCGTTATAACGTTCAATCATGGCGACGGAGGTGATGGATCTTCCTCGAAGAACTTGACATGTTTAAACGTTGCATTAAAGTTCT TTGTCAATGTGTCCCTAAATTCAATGTAAATGATGTTTTCTAGAATATGAAAATCAACCTGACCTTTAGTTCAGATCCTCACTCGGTTTTGTAGTATATGAATTTTCTATTTCTCTTGCAATTTTTGTTATGGATCTTTTGTGTCTGAATATAGTCATAAATAGTGATGATTTTGTATCACCAGAGTATTAAATTGTTACAAGTTCTCAATTAATGTATACCATGTGTTTGAATGATGGTGAGACCTAAACTGGTGCAAATCATAGTCACATGATATAAATTTTGACCTTGTACTATGTAGCGTTATAACGTTCAATCATGGCGACGGAGGTGATGGATCTTCCTCGAAGAACTTGACATGTTTAAACGTTGCATTAAAGTTCTTTAAGATTTTCTTGATTTACATAAGACAAAGGATTTTAGTTAACTAGTTTTATGCTTTTAACTTTGGAGCAGTAATTACTAGGAAGTCTTTTCTGCTGTTTTGTTGATAAACATTTTCTTGCACTTGGTTTTTACTACGTTCTTTTGAGTTTTGAGAAAGAGAAAAAATTTAGTGAGTTGTTTATTCTGAGTGTGAAGTTAGATAAAGTTAATTACTTTGATTGATTAACTTCACAGAATGTTGCCTATTAATTTAGACAGCCAATAACAATCAATGATTTATATTTTTGCTTGGTGCAGAAATAAGGGAATAAGTTTTGTTGCCATTGATCAGAACAGGCCACTGTCAGATCAAGGGCCTTTTGATGTTGTCTTGCACAAGTTGTCAGGAATGGAGTGGTGCGAGATCATTGAGGATTACAGGCAGAAACATCCAGAAGTTACCATCCTTGATCCACCAGATGCAATTAAACATCTACACAATCGACAGTCCATGCTTCAAGATGTGGCAGATCTTAACTTGTCTGACTGCAATGGCAAGGTTCGTGTTCCTAGGCAAATGGTCATAACAAAAGATTCATTATCAATCCCTGATCAAGTTTTTGAAGCTGGGCCAAAATTGCCACTTGTCGCAAAGCCTCTTGTAGTGGATGGAAATGGTAATTCCCACCAAACTTTTTTCTGCTTATGAAAAATTTCTCCCTTTCCAAACTTGGAACTCCCATGGTTTCAAAAAAAGTTTGAAAATCTGGGAGGGCTTTCTCTTAAAAATTAAATTTAATTGGGAAAAAAAAAAGGGTATTAAGGCGGTTTTCTCCTCCCAATGGTCCCCCAAAGGGAGCCACCAAAAATTTTTCGGGGGGTCTCCTTTTTTCCCCGGGTTTACTTGGCGCGCGCGCCCCTCCCAAAAGAAAGCAAAAACTTGGCACTGGGGTTTATTCCAAAAAATTTCTCCCCCCCCCCCCCCGCCGGAGGAAAGCAGTTGAAGAGGGGGACACTCCCCCCCCCACCCGGGTGGAGCACCTTCGATAATTTTTTATTTAATAATTCTACAAAACTGCACACCAAAG 2 1 3' arm Citrus_clementina mirnest 100 100 -23.6 ..(((.....((((((((((..(((((((((......(((.((((((.....)))))).)))......)))).)))))..))))))))))..))).... (-23.6)