mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAAGAAAAAGAAGTCGTTGA AACCACTTTTTTTTGTTCTTT GTCATATCCAGTAACCACTTTTTTTTGTTCTTTATTCCATCTTTCTCCTCTCATCATGTCTAACGAAGGAGTTTACCACGAAGCCCCGAAAATTCAAGAGCCCTGCTAAATCTACCACAACTACTGTCAAGGTTGAGCCTGAGGTCGTAGAACATTCTCATCGTGGGATGCTTGGCTTCTTGAAGAATGACTCATTAGGACAACAAGTGTGACGATGCCGTAATCTCATCCCACTTTGAACAGAACGATCAAGTGACTGAACCCCAACCTGAGTAGAAGAAAGAAAGCTTGCTGGAGAAATTTCACCGATCTAATAGCAGTTCCCGCAGTTCTAGTGATGAGGAGTGCGATTATGGTGAGAAGCAGAAGAAAAAGAAGTCGTTGAAGGATAAGG CTGTCATATCCAGTAACCACTTTTTTTTGTTCTTTATTCCATCTTTCTCCTCTCATCATGTCTAACGAAGGAGTTTACCACGAAGCCCCGAAAATTCAAGAGCCCTGCTAAATCTACCACAACTACTGTCAAGGTTGAGCCTGAGGTCGTAGAACATTCTCATCGTGGGATGCTTGGCTTCTTGAAGAATGACTCATTAGGACAACAAGTGTGACGATGCCGTAATCTCATCCCACTTTGAACAGAACGATCAAGTGACTGAACCCCAACCTGAGTAGAAGAAAGAAAGCTTGCTGGAGAAATTTCACCGATCTAATAGCAGTTCCCGCAGTTCTAGTGATGAGGAGTGCGATTATGGTGAGAAGCAGAAGAAAAAGAAGTCGTTGAAGGATAAGGTTAATGAAAAGATTGAAGGGCACAATAGAAAAGAAGGAAGAGGAAAAAGTCGAAAAGTATGAGGCCGACACAAGTGTGCGCGTTAGTATAAAACGNGAAGAAGTAGCGGTTCCAACCCCGACTCCTGCCCCAGAGGAGAAAAAGGGGTTTATGGAAAAAATTAAGGAAAAACTGCCTGGCGGACATAAAAAGGAGGCGGAGGAGCATGTTATTGCCCCTCCACCACCACCGCCAGCTGCGACGACATATGATGAAGAAGGTGATCATAAGGAGAAGAAGGGTATATTTGAGAAGATTAAAG 3 0 3' arm Helianthus_annuus mirnest 100 100 -82.5 ....(((((..((((.((((((((((.((((((.((((((((((((.(((((((((.(((..((..(((.((((.....(((..........)))..)))))))(((.(((((...(((.....)))..))))).)))....((((((.........(((..((((((.(((((...((((((.((.....)).))))))...))))).(((.(((......))))))))))))..))).....))))))..)))))))).........)))).)).)))))))........))))).))((((((((...((((.(((.((((..((..........)).))))))).))))))))))))...)))).)))))))))).))))..)))))... (-82.5)