mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACCTCGTGGTCGAGTGGT TACTCCACCTGGGGGTCGAGT AATGAAAACCCTCCACCTCGTGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTTGTGATGTCTTCTACTCCACCTGGGGGTCGAGTGGTCTCTT CGTGGTCGAGTGATGTGATCGAGTGATGGTCAGGGGATGGAAATGAAAACCCTCCACCTCGTGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTTGTGATGTCTTCTACTCCACCTGGGGGTCGAGTGGTCTCTTG 5 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR854 0.00007 100 -26.1 .......((((((.(((((..(((.((((((.((.((.........)).))..)))))).)))..))))).))).)))..... (-26.1)