mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGTTTTGGCTCCGGAGGTT CCTTTTGGGTCAACGCCTTTT AGGTACACCGTATCCCTGCAGAGGCCATGGATAACACGGAACAGGTTTTGGCTCCGGAGGTTCCTGTCATCTGGCCCTTTCTTATCGCCACCTTTTGGGTCAACGCCTTTT AGCAGTAAATTGATTTGGTGGCCTCAGAGCTTTATTCATATGACTAAATAGTAAACATAGTGCTTCTTTAGTTCTTTACAATAAAAAAAAAAACATTGGTCATCATGCTCTCTCTATCAATCTTCCTCTGTAAAACTCATTTCACATGATTTTGCAATTGGGTTCGTGATTGTAAACGGGTTCCCCTATATCATTGTAGGGATGTGCCGGATGGCACGGGTATGGAAACGAGGAAGGTACACCGTCTCCCTGGGGAAAGGTGGAAGGCACACCGTATCCTTGATGAGGAAAGGAGGAAGGTACACCGTATCCCTGCAGAGGCCATGGATAACACGGAACAGGTTTTGGCTCCGGAGGTTCCTGTCATCTGGCCCTTTCTTATCGCCACCTTTTGGGTCAACGCCTTTT 4 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 100 -28.7 .......((((((((..((....))...))))...))))...((((.(((((((.((((((...........(((...........))))))))).))))))).))))... (-28.7)