mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATGAAAGGTATGATTCC AATCACACTTTCATTGATAAT NAAAATCTTCTTCTGTATTTTCTTCTNNNGACTTCCTTCTTCTTTGTCNNNAACTGTCTCCATCCTGTCTTCACGAGCTTCCTCTAGAAGATGTGCGCAGAGTCTTTCTAAGTCACACTCATAAAGAGTTCAAAGAAAAGGAATCACACTTTCATTGATAATGAAATCAATAGAGAATGCTACTGAGCTCCTACAGGCGATTAGAAAATCTAATATGGCGATAGTCTTGCTCTCTATGAAGTGTCTATGAGAACAAGATTATCGCGATCTTAGATCCTCTAATTGCTTGTAAGAGCTGATCACCAATGGATCATTCGCTATTGATCTCTTCATCAATGAAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGAAATTCCTTTTGAATGTGACTGAGAAAGCTTCTATGTACATCTTCTCCGCGGAAGCTCATGAAAACAAGGTAGAACCAATTGTGGACAAAGAAGGAAGACATGAAAAAGATAGAGAAGAAGATCAACTT GCGTCCGCAAANNNAAAATCTTCTTCTGTATTTTCTTCTNNNGACTTCCTTCTTCTTTGTCNNNAACTGTCTCCATCCTGTCTTCACGAGCTTCCTCTAGAAGATGTGCGCAGAGTCTTTCTAAGTCACACTCATAAAGAGTTCAAAGAAAAGGAATCACACTTTCATTGATAATGAAATCAATAGAGAATGCTACTGAGCTCCTACAGGCGATTAGAAAATCTAATATGGCGATAGTCTTGCTCTCTATGAAGTGTCTATGAGAACAAGATTATCGCGATCTTAGATCCTCTAATTGCTTGTAAGAGCTGATCACCAATGGATCATTCGCTATTGATCTCTTCATCAATGAAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGAAATTCCTTTTGAATGTGACTGAGAAAGCTTCTATGTACATCTTCTCCGCGGAAGCTCATGAAAACAAGGTAGAACCAATTGTGGACAAAGAAGGAAGACATGAAAAAGATAGAGAAGAAGATCAACTTTTTTATCCATCTGATGTAAGGAAACAAAGGGAGTGGGGAGGGAATTTTGGGAAGGCCTTACAAAGTCAATAGCTACACATGACNNNACTAAACAAACAAGTGA 3 1 3' arm Brassica_oleracea_var._alboglabra mirnest 100 bra-MIR1885 1e-68 -193.9 ....((((((((((.((((((.(((......((((((((((...((((...((.((..((.(((.(((.((((.((((((((...((((((((((((.((((.((((((.(((((((.(((.((.(((((((((((((.(((((((..(((((((((((...((.((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((..((((((.((.((((((((((((.((((...((....))...)))).)))))))))))).)).))))))..)))))))))))))).)))))......)).)))..))))).)))))))).))...)))))))))))...))))))).)))))))).))))).)).))).))))))).)))))).)))).))))))))))))....)))))))).)))).))).))).))..)).))..).)))))))))))))....))).)))))).))))))))))...... (-193.9)