mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCACACAGAAATCGCACCCGT GGGTGCTATCTGTGATTGAGGGACA GAAAATGGGCTCAAGGTGAGGGGTGCTATCTGTGATTGAGGGACATGGTCAATGGAATTGTCTCACACAGAAATCGCACCCGTCACCTTGGCCTGCTGA 4 6 3' arm Mus_musculus mirbase mir-342 9e-45 mmu-mir-342 2e-51 -48.9 ......((((.((((((((.((((((..((((((.....((((((...((....))..)))))).))))))....)))))).))))))))))))..... (-48.90)