mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGT AGAGTGATCAAGGACAGCAAGAAAAATGAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGTGTTTCCTGACTCAGTCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGTTCTTGCAGTGTGCATCGGAG 5 1 3' arm Mus_musculus mirbase mir-365 9e-39 cfa-mir-365-2 4e-53 -41.4 .((....))..(.((((((((((.((((((((..(((.(((((((((((.(((....))).)))).....))))))))))..)))))))).)))))))..))).)....... (-41.40)