mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGCACCTGGGCAAGGGTTCA ATCCTTGCTATCTGGGTGCTTAGTGC CTCCTCTGCTCCCCCTCTCTAATCCTTGCTATCTGGGTGCTTAGTGCTATCTCAATGCAATGCACCTGGGCAAGGGTTCAGAGAAGGTGAGC 5 5 3' arm Mus_musculus mirbase mir-500 3e-26 rno-mir-500 4e-40 -42.9 .......((((.((.((((((((((((((...(..(((((....(((.........)))..)))))..)))))))))).))))).)).)))) (-42.90)