mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCTTTGTCCCTGGGTGAAA GCACCCGGGCAAGGATTTGG CTTCTGCTCTGCTCATCCTCTCTAATCCTTTGTCCCTGGGTGAAAATGCTATTTGTATGCAATGCACCCGGGCAAGGATTTGGGGAAGGTGAGCCTGATCTGCATGGAG 5 2 5' arm Mus_musculus mirbase mir-500 1e-44 mmu-mir-501 3e-57 -47.4 (((((((((.(((((((.(((((((..(((((.(((.(((((....(((.........)))...)))))))))))))..))))))).)))))))..))...))).)))) (-47.40)