mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGAGCCAGGAAGTATTGATGTT CGTCAACACTTGCTGGTTTTCTC AAATTGATGCACCCAGTGGGGGAGCCAGGAAGTATTGATGTTTCTGCCAGGTTAGCGTCAACACTTGCTGGTTTTCTCTCTGGAGTATCA 4 0 5' arm Mus_musculus mirbase mir-505 3e-29 mmu-mir-505 4e-46 -43.2 ....((((((..((((.(((..((((((.((((.((((((((.((....))..)))))))).)))).))))))..))).)))).)))))) (-43.20)