mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGGATTCTGATGTTGGTCACACT TTTTAAAATGAGTGGCGAACACAGAATCCATACT GCCAAAATCAGAGAAGGGATTCTGATGTTGGTCACACTCCAAGAGTTTTAAAATGAGTGGCGAACACAGAATCCATACTCTGCTTATGGC 4 11 5' arm Mus_musculus mirbase mir-541 8e-45 rno-mir-541 1e-43 -37.5 ((((.((.(((((...((((((((.((((.(((((((((...))))..........))))).))))))))))))...))))).)).)))) (-37.50)