mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCAGGAGGCTGAGGTCCCT GGGCCTCTGCCTCTATCCAGGATTA AGAACAGGGTCTCCTTGAGGGGCCTCTGCCTCTATCCAGGATTATGTTTTTATGACCAGGAGGCTGAGGTCCCTTACAGGCGGCCTCTTACTCT 2 5 3' arm Mus_musculus mirbase mir-665 3e-47 rno-mir-665 5e-46 -44.4 ......(((((.((((((((((((((.((((((.....((.(((((....))))))).)))))).))))))))))).))).)))))........ (-44.40)