mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACT CGATATTGGTACGGTTGAATC TTCTAAGTAGCGATATTGGTACGGTTGAATCGAATCAAATCACTCTATCTTTCTCTTGGGTCAGTTGATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACTATTACGA TGTGAATCTACTAAACAGGTAAAACTTCTAAGTAGCGATATTGGTACGGTTGAATCGAATCAAATCACTCTATCTTTCTCTTGGGTCAGTTGATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACTATTACGACAAAAATCACAAATTTTCTGTGAATTGTTGCTTGGATCATATTTCCTTAATATTATCAACACCGTGCTTTTGCCAACCCTGACCTATTGTTAACTTGTTTTGGAAGAAAAATCATAAGAAGATTGTCTTATTCCGAGGATCTACAGAGATCACGAGACGACGGTTTCACTTACCTGCCGCTTCGATCATCTCTTCCGTCATCATCTCCGGCGTCGCTAATCCTTGCCGTCATCTATCCGCCGTCACTCATCACATCTGTCTCCGTCAGCTCTGCTGCTGCGCCACCGGCTTTGTTTCTAAAGGTGAAAAGTATGGTTGAAAATATTCCCCAATCTCCATAGGAAACAGTCGCCAACTAAGAAATCTCATCGGCAAGATTAAAGGACTTGCTGGAATCTGTCGCTTGTAGATGTGGCATAGGAGGACACAACAAGAGCACATGCAAGACTGCTATATGATGAAGTTTGTGTGTCTATGCATCTGTGATAGGAAAAAAAACAGNNNGTTCTATTCTATATTTCA 2 0 3' arm Brassica_oleracea_var._alboglabra mirnest MIR171_1 0.0000004 ptc-MIR171i 0.00000002 -38.8 .....(((((.(((((((((((((((.(((((((((((...((((............))))...))))))))))).))))))))))))))).))))).... (-38.8)