mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAAGTGACTACATCGGGGT CCTGGTTTAGTCACTTTCACT ATGCATTGAAAGTGACTACATCGGGGTTCCGATTTTTTTTGTTCTTCATATGATGAAGCGGAAACAGTAATCAACCCTGGTTTAGTCACTTTCACTGCA ATGCATTGAAAGTGACTACATCGGGGTTCCGATTTTTTTTGTTCTTCATATGATGAAGCGGAAACAGTAATCAACCCTGGTTTAGTCACTTTCACTGCATTAATCAATGCATTTGTAAAAAGAGGGAAAAGCATTGAAATTGTGTAAGGAGATGGATATGATCCGATTGTTTTTATCTGTTGTTTATCAATTTACTATTATTCACTTA 1 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 ath-MIR161 4e-37 -42.6 .((((.((((((((((((.(((((((((..((((....(((((((((((...))))))....))))).))))))))))))).)))))))))))).)))) (-42.6)