mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGAGAGAGAGAACACAGACG TCTGTTTTCTCTCTCTCTTCAA AAAGCCTTGAGAGAGAGAACACAGACGACACCAACTTTCTTCACTCTCGTTGCCGCAGTATAATTATCTCACTCCTCGGACACTATCTCTCCTCTCTGCGGCGGCGACAAGAAGCCTACAAGAATAAAAAGTCTGTTTTCTCTCTCTCTTCAAGA AAAGCCTTGAGAGAGAGAACACAGACGACACCAACTTTCTTCACTCTCGTTGCCGCAGTATAATTATCTCACTCCTCGGACACTATCTCTCCTCTCTGCGGCGGCGACAAGAAGCCTACAAGAATAAAAAGTCTGTTTTCTCTCTCTCTTCAAGAAACCACCTTACCTTCGAAAATGGCTCGTTCTATCTCCTAACGTTAAGATCGTATCTGCTTTCGTCTCTCGTGAACTCTTCATTGCTATCTTCCGACGTGGTTATGCGGCCACGACGGCGCAAGGGAGCGTTTCTAGCGGTGGAAGAATGGGAGCTGTTGCTAAAAATATGATGAAGAAGAAGGGAGTGGAAGAATCAACCCAGAAGATTTCTTGGGTTCCAGATCCCAAAACCGGTTATTACAGACCCGAAACCGGTTCCAACGAGATTGACGCGGCTGAGCTACGAGCAGCTCTCTTGAACAACAAGCAGTGATTGATTATTATTACATGTAATTTTGTCAAGGTCTTTAAGAGGAGATTAGTGGGTAATGATCTGGTGCAGTGAACCCTATTTTCATATGTTAAGTGCCGTTCTGTAATGAATAAAAT 5 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 ath-MIR2936 9e-55 -44.2 ........(((((((((((.((((((........(((.((((....((((((((((((...................(((.........)))...))))))))))))...)))).....)))........)))))).)))))))))))....... (-44.2)