mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACGCCCTTCCCCCCCTTCTTCA GAGGAGGGAGGGGATGGGCCAAGTTC CGATTCTTGTTTGCGTGGGGAGGAGGGAGGGGATGGGCCAAGTTCCCTATGCCTGGAACGCCCTTCCCCCCCTTCTTCACCTGGCGAACTCCTACTCG 2 4 3' arm Mus_musculus mirbase mir-1249 1e-31 rno-mir-1249 7e-36 -50.4 (((.....((((((..(((((((((((.(((((.((((...(((((........))))))))).)))))))))))))).))..))))))......))) (-50.40)