mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTGGTGTCGGTCGACACTA GTGTCGATCGACACCAAGGGT CACCCAGGTGGTGTCGGTCGACACTATCAATGTGTGTCGAGCGATTTTGGAGATCAATGTCGAGCTTGCTCGATTCTGCTTCGTCACAGCCTGATGTCTCGTATTATGCGATGGTGTCGATCGACACCAAGGGTTG CACCCAGGTGGTGTCGGTCGACACTATCAATGTGTGTCGAGCGATTTTGGAGATCAATGTCGAGCTTGCTCGATTCTGCTTCGTCACAGCCTGATGTCTCGTATTATGCGATGGTGTCGATCGACACCAAGGGTTGG 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 ath-MIR855 0.0004 -57.3 .((((...((((((((((((((((((((..((((.(((((((((.(((((.........))))).)))))))))..........))))((.(((((.....))))).)))))))))))))))))))))).)))).. (-57.3)