mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGAGCAAGAGCAGCTGCTTT AGCTGTNGCTCTTGTGCTC GGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAACATTGTTCCTACTTCTACAGGAGCAGCTAAAGCTGTNGCTCTTGTGCTC GGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAACATTGTTCCTACTTCTACAGGAGCAGCTAAAGCTGTNGCTCTTGTGCTCCCTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGGATCGCTCTCCGTGTACCAACACCAAACGTATCAGTGGTTGATCTCGTTGTGCAGGTCTCAAAGAAGACATTTGCTGAGGAAGTCAACGCTGCTTTCAGAGATTCTGCAGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCCACTAGTGTCCGTTGATTTCAGATGCTCAGATTTTTCAACGACCATTGATTCATCACTCACTATGGTTATGGGAGATGATATGGTTANGGTGATTNCTTTGGTATTGATAATGAATGGGGGTTACTCACAAGAGAGTTGTTGGACTTGGGTT 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 100 -30.4 .(((.((((((((.((.((((((....((((((((........)))))))).)))))).)).)))))))).))) (-30.4)