mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCCTCATCATCATCGTCC ATGATGATGCTTGATTCATAAAT AGGGATGATGATGCTTGATTCATAAATTAAATACCAAGGTATATTATTAAAGTGCTTTAGAGAAAATAAACACACCAATAGAAAAACGAACGAAACTCCTACAAGATGAATTTCACTTTTAAAAATCCCAAAACCTTTTCTCAATCCTCATTCTTGATGAACAGAGAATGACCTGAATTATATTTTCACGCAATCCTTTTATGTCTGGTAGAGCGTAGTAAAAGATTACTGTTGCTTGCATTCGGGTGGCCTCTCATCTTGTTTACCTTCACCAACTATCTGAGATCTCCCTCCCTTCTTGTTGCCGATTGATGGCTTCTTTTTGGTCTTGCTTTCTTCTTCATCCTCATCATCATCGTCCTCCTCATCCT AGGGATGATGATGCTTGATTCATAAATTAAATACCAAGGTATATTATTAAAGTGCTTTAGAGAAAATAAACACACCAATAGAAAAACGAACGAAACTCCTACAAGATGAATTTCACTTTTAAAAATCCCAAAACCTTTTCTCAATCCTCATTCTTGATGAACAGAGAATGACCTGAATTATATTTTCACGCAATCCTTTTATGTCTGGTAGAGCGTAGTAAAAGATTACTGTTGCTTGCATTCGGGTGGCCTCTCATCTTGTTTACCTTCACCAACTATCTGAGATCTCCCTCCCTTCTTGTTGCCGATTGATGGCTTCTTTTTGGTCTTGCTTTCTTCTTCATCCTCATCATCATCGTCCTCCTCATCCTCTTCGTCTTCCTCATCTTCATCCTCATCAATGTCATCTTCCTCATCGTCATCTATTTCAAAATCCTCTGCTTCCATAGCCTCACCAGTAAACCATGAGACAGCACGAGGAATAATCTTTTCCCGAATAGTAGATCCGATGTCATAATCTTGTTCCATCAGGTTTTGAAGATCCTCAGCTCTTTCCTCGTCGATATCTTCATCTTCATCCGGAACTTCTGGAGGACTAAAGAAGTTGAAGAAGCTTTCACAATCTTCGAGTTTGGTGATTGGTTTAGTATTCTTTGA 4 2 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest mir-598 0.0004 osa-MIR414 0.00008 -54.1 .((((((((((((..(((...((.((.........(((((((.........))))))).((((((.(((....(((((.((((....(((..........((((((((((((..............................)))..((((((((........))))))))..((((.......)))).((...(((...((((..(((((...(((((.....)))))..))))).))))..)))..))...))))))))).....)))...(((.....(((......))).......)))((((.....))))))))..))))).))).)))))).)).))..))).))))))))))))......... (-54.1)