mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTGCCAGTTGAAGAACTGT AGTTCTTCAGTGGCAAGCTTTA ACCTGGCTGAGCCGCAGTAGTTCTTCAGTGGCAAGCTTTATGTCCTGACCCAGCTAAAGCTGCCAGTTGAAGAACTGTTGCCCTCTGCCACTGGC 0 2 3' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-22 8e-42 mmu-mir-22 1e-46 -42.8 .((((((.(((..((((((((((((((((((((.((((((.((.........))))))))))))).))))))))))))))).))).))))..)). (-42.80)