mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TAGAGTCTCACCATCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCAATTCGGCTGACACAGCCTCGTGACTTTTAAACCTTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGATCCTCGAGGTGTAAAAAA GTCTCTGCTTGATAGGGTTCCCTTCTTCTTCTTATTACATATCATAAACCTCATTTCCCCATTACAAAACCTAGAACTCCTTCTCTCTTCTCTTTCTTCATATCCCTGTCTAAAGGGATTATTATGATAGTAGAGTCTCACCATCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCAATTCGGCTGACACAGCCTCGTGACTTTTAAACCTTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGATCCTCGAGGTGTAAAAAAACTCGTAAATCCTATCAGATCTGGAAGATTTCTACGCTTCTCCTTCTTTATATTCGTTTTCTTATGCTTTTTATTTTTGATATAACCTAGAAAAAGGTTTTTTATATCTTTGAATCTGAAATTGTTTGTTTTAGAATATTGTATATCTGATTTTTATCCCTTTTTAAATTTGAATGTTCTTTAGTCTCCTTTTGTTTGCCCAAATGTTGAATCTTTGCTTTGGTCTTGATTTTAAAGCCAAGTGATGTTGCCTTTGTTTCGAAATTTTAGGATTTGTAGATGTACGAGTATGAGGACTC 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR168 1e-75 ath-MIR168a 2e-74 -59.8 ........((((.(((((.((.((((((.((((((((((.(((((.((((((((((((...)))))...((.(((.((((((......)))))).))))).))))))).))))).)))))))))).)))))).)).)).)))))))....... (-59.8)