mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA AGAGTCTCACCATCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCAATTCGGCTGACACAGCCTCGTGACTTTTAAACCTTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGATCCTCGAGGTGTAAAAA GTCTCTGCTTGATAGGGTTCCCTTCTTCTTCTTATTACATATCATAAACCTCATTTCCCCATTACAAAACCTAGAACTCCTTCTCTCTTCTCTTTCTTCATATCCCTGTCTAAAGGGATTATTATGATAGTAGAGTCTCACCATCGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCAATTCGGCTGACACAGCCTCGTGACTTTTAAACCTTTATTGGTTTGTGAGCAGGGATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGATCCTCGAGGTGTAAAAAAACTCGTAAATCCTATCAGATCTGGAAGATTTCTACGCTTCTCCTTCTTTATATTCGTTTTCTTATGCTTTTTATTTTTGATATAACCTAGAAAAAGGTTTTTTATATCTTTGAATCTGAAATTGTTTGTTTTAGAATATTGTATATCTGATTTTTATCCCTTTTTAAATTTGAATGTTCTTTAGTCTCCTTTTGTTTGCCCAAATGTTGAATCTTTGCTTTGGTCTTGATTTTAAAGCCAAGTGATGTTGCCTTTGTTTCGAAATTTTAGGATTTGTAGATGTACGAGTATGAGGACTC 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR168 1e-75 ath-MIR168a 2e-74 -59.8 .......((((.(((((.((.((((((.((((((((((.(((((.((((((((((((...)))))...((.(((.((((((......)))))).))))).))))))).))))).)))))))))).)))))).)).)).)))))))...... (-59.8)