mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAAGATGCTGGCATAGCTG TGCTATGCCAACATATTGCCATC TGCTCCTGAAACTTGGAACTGGAGAGGAGGCAAGATGCTGGCATAGCTGTTGAACTGAGAACCTGCTATGCCAACATATTGCCATCTTTCCTGTCTGACAGCAGCT 4 0 5' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-31 5e-34 rno-mir-3554 2e-55 -46.4 .(((.(((....(..((...((((((..(((((.(((.(((((((((.(((........)))..))))))))).))).)))))..))))))..))..)))).))). (-46.40)