mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAGTGTCTTAGCTGGTTGT AATCAGCAAGTATACTGCCCTA CCGGCTGTGAGTAATTCTTTGGCAGTGTCTTAGCTGGTTGTTGTGAGTATTAGCTAAGGAAGCAATCAGCAAGTATACTGCCCTAGAAGTGCTGCACGTTGT 1 2 5' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-34 5e-31 mmu-mir-34a 5e-49 -43.9 .((((.(((((((.((((..(((((((((((.((((((((((...(((....))).....))))))))))))).))))))))..)))).)))).))))))). (-43.90)