mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTACTGTGATAGCTGAA CGGTTATCATGGTACCGATGCT ATCTGAGACTGAACTGTCCTTTTTCGGTTATCATGGTACCGATGCTGTAGATCTGAAAGGTACAGTACTGTGATAGCTGAAGAATGGTGGTGCCATC 1 1 3' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-101 2e-30 mmu-mir-101b 5e-43 -33.4 .........((.((..((.((((((((((((((((((((.(.((((.((....))...))))).)))))))))))))))))))).))..))..)).. (-33.40)