mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGA ACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCC TGCCGGCCTCTGGGTCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGAGGACGTCCAGGGTCACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCCTGGCGCCTGGC 5 2 5' arm Rattus_norvegicus mirbase lin-4 6e-30 rno-mir-125a 4e-43 -44.5 .(((((.(.(..((..((..(((.((((..((((((((((....))....)))))))))))).)))..))..))..).).))))) (-44.50)