mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAGAAGACTCTGAAGCTAGC TAAGCTAAAGTCTTCTTTTC GAGTGATAAGCTAAAGTCTTCTTTTCTTCCTTGTGCTCGAGTGTCTGGTTGAGTGCGGAATGGAGAAGACTCTGAAGCTAGCAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGAATACTGAATAGATAAACAGAAATCCGGATTACAAAAGGTCTAGAACACAGTGTCTACGGAATAAAACTAGATAAAAACTTGTTCTCGAAAATGTAAAGTGCATGCTACTTATAGCGAAATATTTTTTAAACCCTAATACTCAAAACGACGTAGTATTAGGACAGATTAAGAGCAGTACTCGACCCAGGTGGTCGAGTGAGTGGTCGAGTGATAAGCTAAAGTCTTCTTTTCTTCCTTGTGCTCGAGTGTCTGGTTGAGTGCGGAATGGAGAAGACTCTGAAGCTAGCAGTCCAGTAAGGACATCGAGTGAATGATGATAAGGGACTCGACCATGTGGTAGAGTTATTGGTCTAGTGGATGGTGGTGGTAGTACTCGACTTGGTGGTAGAGTGATTGGTCGAGTGAATGATGATGGTGATACTTGACCATGTTTGTAGAGTTATTGGTCGAGTGAATGATGATGGTGATACTCGGCCATGTTGGTAGAGTGATTTGTCGAGTGAATGATAATGGTGGAACTCGGCCATGTTGGTAGAGTGATTGGTCGAGTGAATGATGATGGTGATTCACGACCTGTTGGTAGAGTGATTGGTCGAGTGAGTGATGATGATGATACTCGACCTGTTGGTAGAGTGATTGGTCGAGTGAATGATGATGGTGATACTCGACCTGTTGGTAGAGTGATTGGTCGAGTGAATGATGATGGTGATACTCGACCTGTTGGTAGAGTGATTGAGTGAAGGTGATGTGGTGGGCATGATTATACTCGACAAGGTGGTCGAGTGATGTGATCGAGTGGTTGTCCTGGTGGTACTCGATGACGTTGTCGAGTGGTAATGTGGAATGCTGAGGTTTTCTACTCGACCACGGGGTTGACTGGTCTGTTGAAGTCGTGAAGCATCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTTTGACATGATCAGGTCCGCTTCTTCCAATTAGCTCGTCAACAGCTCCGAATCACTTGCATGCAAAACTATCCTTAGTACAAGGTCACGAATCTCTCGAATTAGTGGTTCAGACATTTCATCGAACACCTTTTGGGCGCGGAAATGTCTGGGCTCAAATTCCAGTTGATCAGAAGGCAATAGGCATTAAGAACAACTAATCCATAAGGGATCTATCAATCAATACTCAATCACCTAGCATACTGAGAATTCTACACTACTCTAACCCATCCTCAAAAACCTATTCACTACTCAGACATCATAACAGAAAGCATAAACGTTGAACAAGTTGAAAACATGATAACAACAGTGTAACAGCAGGATGATATCAGAATGAACAACAGTAAACGAAATCAAGAACAAAAGCTGAATACTGAATATTGAATAGATAAAGAGAAATCCGGATTACAAAAGGTCTAGAACACAAGGTCTGCGGAATAAAACTAGATAAAAAAAACTTCCCCGCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGC 3 2 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 100 -25.3 ........(((((.((((((((((..((((..((((((((........)))))))))))).)))))))))).)..))))...... (-25.3)